《星际争霸2》的战役剧情是围绕三个主要派系：人族、神族和异虫之间的冲突展开的。游戏分为三个独立的战役：“自由之翼”（Wings of Liberty）、“虫群之心”（Heart of the Swarm）以及“虚空之遗”（Legacy of the Void），每个战役都深入描绘了不同种族的故事情节。

在“自由之翼”中，玩家扮演的人族指挥官雷诺（Jim Raynor）试图通过收集情报和资源来推翻腐败的人族政府——克哈议会，同时与被囚禁的前执政官凯拉克斯（Arcturus Mengsk）领导下的帝国作战。雷诺的行动受到了星灵英雄泽拉图（Zeratul）的帮助，后者试图阻止萨尔纳加（Xel'Naga）的古老敌人——黑暗圣堂武士的毁灭计划。

“虫群之心”的主角则是异虫女王刀锋希洛（Sarah Kerrigan），她在经历了多次背叛后，最终夺回了自己的力量，并开始重新整合虫群，为对抗萨尔纳加之敌做准备。这一战役不仅展示了希洛的成长，也揭示了她与人类英雄雷诺之间复杂的关系。

最后，在“虚空之遗”中，玩家将扮演神族的领袖阿塔尼斯（Artanis），带领神族对抗企图摧毁所有生命的邪恶力量。这一部分的剧情探索了神族内部的分裂以及他们与异虫、人族之间的新联盟关系，共同面对宇宙中最大的威胁。

这三个战役不仅提供了丰富的故事线，还展现了星际争霸世界中不同文明之间错综复杂的外交关系和战斗策略。